Чтобы это сделать, мы разрабатываем ПЦР-тест, который будет «смотреть» конкретно этот вариант из всего генома, есть он у человека или нет. Метод ПЦР был признан обязательным методом ускоренной диагностики для индикации и лабораторной диагностики возбудителей инфекционных болезней бактериальной и вирусной этиологии в клиническом материале и пробах из объектов окружающей среды.
Рибосомальная 16S РНК, полимеразная цепная реакция (ПЦР) и секвенирование биополимеров
medium ПЦР (Полимеразная цепная реакция) Если попытаться описать ПЦР-диагностику в трёх словах, то это, совершенно определённо, будут слова ТОЧНО, НАДЁЖНО, БЫСТРО. ПЦР анализ на инфекции Полимеразная цепная реакция (ПЦР) – высокоточный метод молекулярно-генетической диагностики, который позволяет выявить у человека различные инфекционные и наследственные заболевания, как в острой и хронической стадии. один из наиболее чувствительных и надежных количественных методов анализа экспрессии генов. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) – экспериментальный метод молекулярной биологии, позволяющий добиться значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой кислоты (ДНК/РНК) в биологическом материале (пробе). Специфическое обследование на SARS-CoV-2 делают двумя способами: методом ПЦР и посредством экспресс-тестирования.
Чем объясняется популярность ПЦР в настоящее время?
- ПЦР-исследования
- ПЦР в режиме реального времени – новейшие технологии в диагностике инфекций
- Диагностика COVID-19: обзор основных методов
- Анализ ПЦР — что это такое?
Достоверность метода ПЦР
Благодаря международной программе «Геном человека» метод получил особенно бурное развитие. ПЦР диагностика является быстрым и точным методом исследования, когда невозможно вывить возбудителя другими методами. При правильном выполнении всех методик можно с уверенностью заявить, что ПЦР-анализ не дает ложных результатов, в отличии от метода иммуноферментного анализа, где нередки ошибки в связи с перекрестно-реагирующими компонентами. Необычайная чувствительность метода позволяет обнаруживать единичные клетки возбудителя в самых различных биологических тканях — слизи, моче, крови, мокроте, соскобе эпителиальных клеток. Полимеразно-цепная реакция основана на обнаружении специфической ДНК или РНК бактерий либо вируса в присутствии миллионов других молекул. Метод ПЦР позволяет определить наличие возбудителя заболевания, даже если в пробе присутствует всего несколько молекул ДНК возбудителя.
Использование метода ПЦР для диагностики инфекционных заболеваний бактериальной и вирусной природы имеет огромное значение для эффективного лечения и предотвращения распространения инфекции. Принцип действия ПЦР состоит в многократном синтезе копий генетического материала вирусов или бактерий в лабораторных условиях. Для понимания этого явления напомним, что основой хранения наследственной информации и основой жизни является ДНК — дезоксирибонуклеиновая кислота. ДНК состоит из двух нитей, которые сформированы из азотистых оснований — нуклеотидов. Нуклеотидов всего четыре.
Нуклеотиды обладают свойством комплиментарности, то есть с определенным типом нуклеотида может связаться только определенный тип другого нуклеотида. Например известны нуклеотиды аденин, тимидин, цитозин и гуанин. Из них аденин может связываться с тимидином, а цитозин с гуанином. Но не наоборот. В последовательности нуклеотидов закодирована уникальная для каждого живого организма информация.
Будь то человек или вирус. У некоторых вирусов наследственная информация закодирована в другой нуклеиновой кислоте —РНК. Поэтому, идентифицировав ДНК, можно с уверенностью утверждать, что она принадлежит определенному микроорганизму.
В 1953 г. Эта их работа впоследствии была отмечена Нобелевской премией. Еще одной предпосылкой к появлению нового метода явилась расшифровка нуклеотидной последовательности геномов ряда микроорганизмов. ПЦР стала действительно недорогой и технологичной методикой в результате использования ДНК-полимеразы, выделенной из термофильной бактерии Thermus aquaticus, обитающей в трубопроводах горячей воды.
Универсальным носителем генетической информации и наследственных признаков у всех существующих на Земле организмов является дезоксирибонуклеиновая кислота ДНК. Исключение составляют только некоторые микроорганизмы, например, вирусы, носителем генетической информации у которых является РНК — одноцепочечная рибонуклеиновая кислота. ДНК представляет собой двойную нить, скрученную в спираль. Каждая нить состоит из последовательности химически связанных нуклеотидов.
Генетический материал вируса SARS-CoV-2 обнаруживается в мазке, взятом из дыхательных путей чаще всего из носоглотки или одновременно из горла и слизистой оболочки носа. Затем в лабораторных условиях образец размножается и анализируется. ПЦР - более чувствительный тест, чем исследование на антиген, поскольку он может обнаружить одну молекулу РНК в микролитрах раствора. В настоящее время это золотой стандарт диагностики коронавируса. Прежде всего, это высокая чувствительность, т. Во-вторых, тест также высокоспецифичный точный , то есть сводит к минимуму риск ложноположительных результатов правильно определяет здоровых людей.
Методика предоставляет точные результаты. С ее же помощью можно обнаружить ход течения заболевания, давность, наличие иммунитета, сопротивляемость организма. Проводится параллельно с микробиологическим исследованием или вместо него. Зависит от ситуации. На венерические инфекции указывают такие симптомы: боли в области половых органов, рези при мочеиспускании, жжение, зуд, выделения гнойного, прозрачного характера с неприятным запахом или без такового, нарушения отхождения урины. Герпесвирусные инфекции, папилломатоз. Другими способами определить патологические процессы, ассоциированные с этими возбудителями, не выйдет. Многие из них потенциально опасны. Некоторые штаммы вируса папилломы человека крайне агрессивны, онкогенны. Могут привести к сложным формам рака. Потому так важна ранняя диагностика. Злокачественные процессы на начальной стадии. Пока еще симптомов нет. С помощью ПЦР-анализа удается обнаружить аномальные клетки, которые имеют одну, а то и несколько мутаций генетического материала. Как правило, это случайные находки. Например, при анализе соскоба со слизистых оболочек полости рта заядлого курильщика. Благодаря такому способу удается обнаружить проблему на ранней стадии, когда как таковой опухоли еще нет. Но предпосылки — представлены в полном объеме. Исследование иммунной реакции на того или иного возбудителя. Изучают особые вещества, которые отвечают за инактивацию и сдерживание аномальных агентов, инфекционных структур. Методика отличается от схожего по целям ИФА. Обследование на предмет генетических аномалий. В рамках диагностики наследственных патологических процессов. В качестве основного метода. Также с помощью ПЦР возможно установление отцовства, родства двух людей. Но это тема для отдельного разговора. Для исследования забирают биоматериал. Какой именно — зависит от конкретных показаний. Обычно берут мазки со слизистых оболочек полости рта, половых органов, уретры. В качестве исходного образца изучают мочу, кровь, мокроту, слюну. Есть отдельные условия по подготовке и проведению диагностики полимеразной цепной реакции. Что можно обнаружить методом ПЦР По результатам обследования есть возможность выявить группу патологических процессов. Папилломатоз Провоцируется особым одноименным вирусом. Вызывает образование на коже и внутренних органах хорошо знакомых многим наростов. В самом простом случае, речь идет о бородавках.
Сколько стоит сдать ПЦР-анализ
Укороченные последовательности нуклеотидов, характерные для каждого вида патогена возбудителя опасных заболеваний , хранятся в базах научных лабораторий в виде праймеров — отдельных участков ДНК, типичных для только конкретного возбудителя. Эти участки значительно короче любой молекулы ДНК. Такие праймеры присоединяются к ДНК возбудителя в пробе и под действием катализаторов многократно воспроизводят свои дубли. Этот процесс называются «репликация» — многократное увеличение, дублирование искомого участка до тех пор, пока он не станет доступен для определения. Процесс репликации возможен только при наличии в пробе ДНК возбудителя. Преимущества метода ПЦР Высокая специфичность. Метод ПЦР определяет заданную последовательность нуклеотидов, присущую конкретному патогену. Исключен риск ложноположительных результатов. Для ПЦР достаточно всего несколько молекул ДНК патогена или даже уже неактивных — разрушенных вирусных частиц, сохранивших специфические участки ДНК в достаточном количестве , чтобы он был обнаружен в ходе исследования. Скорость проведения. Лаборатория получает результат ПЦР-теста через несколько часов, клиент — уже на следующий день.
Скорость диагностики имеет принципиально важное значение для своевременного лечения. Например, при диагностике бактериальных инфекций классический посев занимает от нескольких дней, а с ПЦР-анализом пациент сможет принять меры и начать лечение уже через сутки. Для исследования подходит любой биоматериал: кровь, моча, сперма, мокрота, гной, жидкости из абсцессов и пр. Кроме этого, ПЦР применяется в самых разных областях науки и медицины, работая даже там, где другие методы бессильны. Диагностика латентных инфекций. ПЦР-диагностика определяет возбудителя инфекции даже в инкубационном периоде и при скрытом течении заболевания.
ПЦР в реальном времени — единственный доступный метод количественной оценки. Если мишеней для праймеров в образце не окажется, то температурные циклы пройдут в холостую и при детекции будет получен отрицательный результат. Преимущества методики ПЦР Всего разработано более 10 разных методик амплификации, применяемых лабораториями в зависимости от исходных условий и поставленных целей. Общим для них есть высокая чувствительность для положительного результата достаточно 40! Но точность результатов сильно зависит от качества сбора диагностического материала, тщательного соблюдения всех технических требований к каждому этапу и качеству оборудования, расходных материалов буфера, праймеров, раствора для отмывки и т. Области применения в медицине В дерматовенерологии ПЦР используют для выявления венерических заболеваний: микоплазменной, хламидийной инфекций, сифилиса, генитального герпеса и др. А с помощью ПЦР в реальном времени, оценивая вирусную нагрузку, врачи могут составить мнение о динамике заболевания, отклике на лечение, что особенно актуально для пациентов с ВИЧ, принимающих терапию. Также благодаря ПЦР врачи могут в течение нескольких дней с уверенностью идентифицировать коклюш и паракоклюш, выявить возбудителей эпидемии ОРВИ. Уточняются типы вируса гриппа, циркулирующие на определенной территории, на основании чего появляется возможность разработать эффективную вакцину для каждого сезона гриппа. В течение суток или быстрее можно установить вид возбудителя кишечной инфекции, а значит — назначить адекватное лечение и обнаружить вероятный источник заражения. Летом, ПЦР актуальна для диагностики заболеваний, передаваемых иксодовыми клещами: боррелиоза болезни Лайма , клещевых энцефалитов. Метод позволяет работать с любым биологическим материалом. Гемотрансмиссивные инфекции сифилис, ВИЧ, гепатиты, боррелиоз исследуются по пробе венозной крови или спинномозговой жидкости. Кожные болезни герпес, грибки — по соскобу с пораженного участка. Венерические и урологические — по образцу мочи, спермы, влагалищного отделяемого. Так что в медицине, ПЦР применяется везде, где нужна высокая точность и быстрота получения результатов.
ПЦР на герпес при отсутствии проявлений инфекции не имеет никакого смысла. Остается анализ ПЦР на микоплазму и хламидию — это мелкие бактерии, выявить их другими методами можно, но гораздо сложнее. Хламидии вызывают всевозможные воспаления в мочеполовой системе. Хроническая инфекция может осложняться образованием спаек в малом тазу, а значит болями и, возможно, бесплодием. Считается, что даже бессимптомный хламидиоз опасен, хотя достоверных данных и прогнозов на этот счет нет. По существующим стандартам , если хламидию нашли, это нужно лечить. Чтобы выявить микоплазменную инфекцию, сдают количественный ПЦР, чтобы определить, сколько именно бактерий поселилось внутри. Только микоплазма гениталиум считается патогеном, если она обнаружена в анализах, требуется лечение. Количество микробных клеток и наличие симптомов не имеет значение. Для других инфекций, передающихся половым путем, существуют не менее достоверные, но более дешевые и простые анализы: на сифилис — анализ крови на антитела, микроскопия отделяемого половых органов при наличии проявлений инфекции; на гонорею, трихомониаз, кандидоз — микроскопия мазка, бактериологический анализ; на ВИЧ, гепатиты В, С — ИФА и ПИФ — иммунологические исследования крови. Простой мазок и бактериологический анализ дают, порой, гораздо больше информации об интимном здоровье, чем ПЦР на 16 инфекций, так как показывают не только наличие и количество возбудителя, но и его чувствительность к различным антибиотикам, а также признаки воспаления. Резюме 1. Найдите доверенного гинеколога или уролога для мужчин и посещайте его раз в полгода-год даже если ничего не беспокоит. Врач направит вас на обследование, если будет необходимость. Появились жалобы со стороны мочеполовых органов, особенно если вы не исключаете инфекцию, постарайтесь посетить врача в течение нескольких дней. Если ваша интимная жизнь подходит под определение «рискованной» , сдавать анализы на ЗППП нужно после каждой смены полового партнера, но не реже, чем раз в полгода. Анализ ПЦР оправдан для диагностики хламидиоза, микоплазмоза и вирусных инфекций — по показаниям. Сифилис, гонорея, трихомониаз, кандидоз, ВИЧ-инфекция и гепатиты качественно определяются другими способами. Диагностика методом ПЦР этих инфекций — необоснованная трата денег, из разряда «любой каприз за ваши деньги». На этапе планирования беременности целесообразно, хотя и не обязательно, сдать ПЦР анализ на хламидиоз, микоплазму гениталиум, кровь на ВИЧ, сифилис, гепатиты В и С, а также обычный мазок на микрофлору.
Именно об этой технологии мы и расскажем в нашей статье. Кэри Муллис: создатель технологии ПЦР. Ниже мы кратко резюмируем суть и значение наиболее важных для возникновения ПЦР работ см. В 1953 году исследователи Джеймс Уотсон и Фрэнсис Крик опубликовали работу 2 , которая внесла существенный вклад в понимание структуры ДНК — молекулы, в которой зашифрована уникальная для каждого организма генетическая информация. Именно эта информация является ключом как к определению вида организма, что необходимо для детектирования патогена, так и к выявлению генетических особенностей и заболеваний человека методом ПЦР. В 1950-х гг. Артур Корнберг изучал механизмы репликации, или самоудвоения, ДНК. Ему же удалось впервые осуществить синтез ДНК вне живой клетки, в пробирке. А в 1957 ученый вместе со своей научной группой выделил из бактерии Escherichia coli первую ДНК-полимеразу 3 — ключевой фермент, обеспечивающий синтез ДНК. В 1960-х Хар Гобинд Корана продолжил изучение механизмов синтеза нуклеиновых кислот. В частности, в его лаборатории впервые синтезировали целый ген. Корана продемонстрировал, что такой искусственно созданный фрагмент ДНК нормально функционирует, встроив его в геном Escherichia coli 4. Кроме того, исследователь занимался расшифровкой генетического кода и его роли в синтезе белков. Позднее, в 1976 году из этой бактерии был выделен особый тип ДНК-полимеразы: Taq-полимераза 6. В 1971 году Хьель Клеппе с коллегами представили теоретическое описание механизма создания множества копий заданного фрагмента ДНК, или амплификации 7. Этот механизм очень близок к тому, что предложил в 1984 году создатель ПЦР Кэри Муллис для своей методики. В связи с этим ему иногда приписывают первенство в изобретении технологии ПЦР.
Тесты ПЦР при коронавирусе
- Достоверность метода ПЦР
- Преимущества и недостатки
- Чем отличается диагностика ПЦР от ИФА
- Запланируйте визит в наш центр
Разновидности ПЦР
- Методы диагностики ЗППП
- Полимеразная цепная реакция (ПЦР). Особенности
- Выберите любимую аптеку
- Метод ПЦР диагностики: сферы применения, подготовка к исследованию, анализы на инфекции
Актуальные методы диагностики COVID-19
Полимеразная цепная реакция (ПЦР) — высокоточный метод диагностики заболеваний, основанный на копировании ДНК или РНК патогена в пробе. О сервисе Прессе Авторские права Связаться с нами Авторам Рекламодателям Разработчикам. ПЦР (полимеразная цепная реакция) — это молекулярно-биологический метод, в основе которого лежит амплификация (то есть многократное увеличение) фрагментов ДНК в биоматериале. Многочисленные исследования по изучению применения метода ПЦР для выявления Сhlamydia trachomatis. В России метод полимеразной цепной реакции был внедрен и начал использоваться в 1995 г. Использование ПЦР-диагностики производится в совокупности с другими методами исследования (ИФА, ПИФ, РИФ и др.).
Что такое анализ ПЦР?
Полимеразная цепная реакция (ПЦР) — метод молекулярной биологии. В 1986 году метод полимеразной цепной реакции был существенно улучшен. В России начали внедрять в клиническую практику ПЦР-анализы на коронавирусную инфекцию по любым доступным пробам биологических жидкостей. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) — метод молекулярной биологии. В 1986 году метод полимеразной цепной реакции был существенно улучшен. Открытие метода полимеразной цепной реакции (ПНР) стало одним из наиболее выдающихся событий в об-ласти молекулярной биологии за последние десятилетия. В Роспотребнадзоре разъяснили, чем отличается тестирование на коронавирус методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) от экспресс-теста.
Что такое ПЦР
Не каждая лаборатория может позволить себе все необходимое оборудование. Урогинекология диагностика инфекций, передающихся половым путем: хламидиоз, уреаплазма, микоплазма, кандиды, гарднерелла, герпесвирусы. Важное значение для женского и мужского здоровья играет ВПЧ — вирус папилломы человека. Доказано, что у женщин онкогенные штаммы этого вируса способны вызывать рак шейки матки. Существует целый ряд инфекций, способных поражать плод еще в материнской утробе. Среди них вирусы герпеса, токсоплазмы, краснухи. ПЦР-диагностика позволяет правильно определить тактику ведения и риски внутриутробной инфекции. Респираторные заболевания. Диагностика методом ПЦР стала в 2020 году актуальной как никогда и продемонстрировала свою незаменимость и эффективность. ПЦР-анализ — главный тест и «золотой стандарт» диагностики коронавирусной инфекции Sars-Cov-2 COVID-19 , ставшей причиной самой масштабной пандемии последних десятилетий.
Наследственные заболевания и отцовство также диагностируются при помощи метода ПЦР. ПЦР-тесты применяются везде, где нужен быстрый, точный и надежный результат. Подготовка к проведению ПЦР-теста Еще одно немаловажное преимущество ПЦР-анализов — это отсутствие специфической подготовки к проведению тестов. Достаточно следовать стандартным рекомендациям специалиста: Анализ сдается утром натощак. При этом ряд генетических исследований проводится в произвольное время, удобное пациенту. При сдаче анализа по мазку из ротоглотки необходимо выдержать интервал с приемом пищи и воды в 3-4 часа перед тестом. Перед анализом на венерические инфекции необходимо воздержаться от половой активности в течение суток.
ПЦР позволяет выявлять возбудителя даже при минимальном его содержании при скрининговой детекции вирусных и бактериальных возбудителей ОКИ в лабораторной диагностике и санитарно-эпидемиологическом надзоре. Эффективность этиологической диагностики возрастает при одновременном выявлении ведущих инфекционных агентов: Rotavirus, Astrovirus, Norovirus и бактерий родов Shigella, Salmonella, Campylobacter и Y. Классические микробиологические методы посевы и культивирование на культурах клеток не обладают необходимой скоростью диагностики и не удовлетворяют потребности Роспотребнадзора при расследовании случаев групповой заболеваемости, но являются единственными видами исследований, при которых можно выделить и накопить «чистую культуру» возбудителя для дальнейшего использования в научно-практической деятельности. Метод полимеразной цепной реакции предусматривает работу с любым генетическим материалом без подразделения по микробиологическим направлениям, что дает возможность организации централизованной ПЦР-лаборатории как отдельного структурного подразделения по различным направлениям деятельности.
Показаний к назначению анализа полимеразной цепной реакции множество. Вот лишь некоторые возможные варианты: Предполагаемые вирусные инфекции, поражающие печень. Все формы гепатита. На расстройство косвенно указывают такие симптомы: боли в правом боку, нарушения пищеварения, поносы, запоры, тяжесть под ребрами в проекции органа, пожелтение кожи и склер глаз, ощущение горечи во рту, тошнота, рвота, увеличение объемов живота. ПЦР позволяет поставить точку в вопросе. Назначается в первую же очередь. Диагностика СПИДа. Определить ВИЧ инфекцию можно несколькими способами. Но полимеразная цепная реакция дает однозначный ответ, практически сразу. Потому именно ПЦР считается предпочтительным вариантом и основной мерой диагностики. Венерические инфекции. Обследование проводится в любой момент. В качестве биоматериала забирают мазок со слизистых оболочек уретры. Методика предоставляет точные результаты. С ее же помощью можно обнаружить ход течения заболевания, давность, наличие иммунитета, сопротивляемость организма. Проводится параллельно с микробиологическим исследованием или вместо него. Зависит от ситуации. На венерические инфекции указывают такие симптомы: боли в области половых органов, рези при мочеиспускании, жжение, зуд, выделения гнойного, прозрачного характера с неприятным запахом или без такового, нарушения отхождения урины. Герпесвирусные инфекции, папилломатоз. Другими способами определить патологические процессы, ассоциированные с этими возбудителями, не выйдет. Многие из них потенциально опасны. Некоторые штаммы вируса папилломы человека крайне агрессивны, онкогенны. Могут привести к сложным формам рака. Потому так важна ранняя диагностика. Злокачественные процессы на начальной стадии. Пока еще симптомов нет. С помощью ПЦР-анализа удается обнаружить аномальные клетки, которые имеют одну, а то и несколько мутаций генетического материала. Как правило, это случайные находки. Например, при анализе соскоба со слизистых оболочек полости рта заядлого курильщика. Благодаря такому способу удается обнаружить проблему на ранней стадии, когда как таковой опухоли еще нет. Но предпосылки — представлены в полном объеме. Исследование иммунной реакции на того или иного возбудителя. Изучают особые вещества, которые отвечают за инактивацию и сдерживание аномальных агентов, инфекционных структур. Методика отличается от схожего по целям ИФА. Обследование на предмет генетических аномалий.
Детекция продуктов амплификации. Суть пробоподготовки заключается в экстракции извлечении ДНК из биопрепарата и удалении или нейтрализации посторонних примесей для получения препарата ДНК с чистотой, пригодной для постановки реакции амплификации. В настоящее время существуют различные методы выделения нуклеиновых кислот: экспресс -метод, выделение НК при помощи осаждения на носителе, фенольно-хромофорный метод метод Хом-чинского. Амплификация - увеличение количества ампликонов в ходе многократно обычно 30-50 раз повторяющихся циклов раундов денатурации, гибридизации и удлинения цепей. Процесс синтеза катализируется ферментом Тад-полимеразой. Детекция - заключительный этап в постановке ПЦР. Для визуализации результатов амплификации используют различные методы. Метод электрофореза основан на разделении фрагментов ДНК ампликонов в агарозном геле в соответствии с их зарядом и линейными размерами с ультрафиолетовой детекцией при окрашивании бромистым эти-дием. Этот метод позволяет осуществлять только качественный анализ и имеет ряд ограничений и недостатков: большие затраты времени на стадию детекции; невозможность автоматизации; сложность и субъективность трактовки результатов; высокий риск контаминации и большие затраты на ее устранение; повышенные требования к организации лаборатории; максимальное удаление зоны детекции от других зон проведения ПЦР; выделение отдельного сотрудника на стадию детекции; постоянный контроль смывов.
История открытия современных методов молекулярной диагностики
6) автоматизация и стандартизация ПЦР-анализа Метод ПЦР в реальном времени основан на детектировании сигнала флуоресценции, позволяющем наблюдать процесс накопления продукта в процессе реакции. 40. Исследование биоценоза урогенитального тракта у женщин методом ПЦР с детекцией результатов в режиме реального времени: Методиче-ское пособие для лаборантов / Сост. Цифровая ПЦР – высокоточный современный метод количественного анализа нуклеиновых кислот. Анализ ПЦР – полимеразная цепная реакция, позволяющая многократно увеличить объем микробной среды и определить возбудителя. ПЦР (полимеразная цепная реакция) – это прямой метод выявления возбудителя, то есть с помощью него можно определить РНК вируса со слизистой ротоглотки или носоглотки, то есть можно определить сам коронавирус. • При необходимости исследования единого первичного образца разными диагностическими методами первая аликвота должна отбираться для ПЦР‐анализа наконечником с фильтром.